一、根腐病
先由須根、支根變褐腐爛，逐漸向主根蔓延，最后導致全根腐爛，直至地上莖葉自下向上枯萎，全株枯死。該病常與地下線蟲、根螨的為害有關，在土壤粘度重、田間積水過多時發病嚴重。黃芩、丹參、板藍根、黃芪、太子參、芍藥和黨參等易感染此病。防治：播前用丙線磷等殺蟲藥劑撒施整土，防治地下害蟲，同時施腐熟有機肥，以增強抗病力。發病初期可用甲基托布津、多菌靈800～1000倍液灌根，雨后及時排水。
二、根結線蟲病
由于根結線蟲的寄生，在藥材根部長了許多瘤狀物，致使植株生長緩慢、葉片發黃，最后全株枯死。此病為害丹參、桔梗、黃芪、人參和北沙參等。防治時最好與禾本科作物輪作或水旱輪作綜合防治。藥劑防治方法：1、土壤消毒。在播種或定植前，每平方米用菌線威0.3～0.5克，對水3500～7500倍液或對過篩濕潤細土200～500倍均勻噴灑或撒施在土表上，有條件的可用地膜覆蓋48～72小時；或每畝用5%線凈3～4公斤，拌細土均勻施入播種溝或播種穴內。2、生長期(發病期)。用菌線威3500～7000倍液，澆灌植株基部。
三、白絹病
常在近地面的根處或莖基部，出現一層白色絹絲狀物，嚴重時腐爛成亂麻狀，最終導致葉片枯萎、全株死亡。常在雨季或土壤受漬條件下發病。此病為害黃芪、桔梗、白術、太子參和北沙參等。防治時應與禾本科作物輪作或用多菌靈、甲基托布津液浸種消毒。
四、立枯病
最初是幼苗基部出現褐斑，進而擴展成繞莖病斑，病斑處失水干縮，致使幼苗成片枯死。此病為害黃芪、杜仲、人參、三七、白術、北沙參、防風和菊花等。處理辦法：降低土壤濕度，及時拔除病株，并用多菌靈等處理土壤，噴藥預防其他健株感染。
五、枯萎病
發病初期，下部葉片失綠，繼而變黃枯死。重茬地、排水不良的粘土地發病嚴重。黃芪、桔梗和荊芥等藥材常感染此病。防治辦法：應與禾本科作物輪作，發病初期用多菌靈.、甲基托布津等藥劑噴灑處理。
六、菌核病
發病時幼苗基部產生褐色水漬狀病斑，幼莖很快腐爛，造成倒苗死亡。病部后期出現的黑褐色顆粒即為菌核。此病為害丹參、人參、白術、半夏、川芎、川蒡、延胡索和牡丹等。防治方法上除實行輪作外，還要在發病中心撒施石灰粉，植株上用多菌靈或禾枯靈水溶液噴灑
